http://repositorio.unb.br/handle/10482/51397
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Titre: | Caracterização da enzima 5-enolpiruvilshikimato-3-fosfato sintase para desenvolvimento de biossensor para detecção de glifosato |
Auteur(s): | Neves, Daniel Vieira |
Orientador(es):: | Barbosa, João Alexandre Ribeiro Gonçalves |
Assunto:: | Escherichia coli Ressonância plasmônica de superfície Biossensores |
Date de publication: | 16-jan-2025 |
Data de defesa:: | 21-aoû-2024 |
Référence bibliographique: | NEVES, Daniel Vieira. Caracterização da enzima 5-enolpiruvilshikimato-3-fosfato sintase para desenvolvimento de biossensor para detecção de glifosato. 2024. 96 f. Dissertação (Mestrado em Biologia Molecular) — Universidade de Brasília, Brasília, 2024. |
Résumé: | A 5-enolpiruvilshikimato-3-fosfato sintase (EPSPS, EC 2.5.1.19) é a enzima que catalisa a sexta etapa da via do shikimato, cujo produto final, corismato, é precursor da biossíntese dos aminoácidos aromáticos e, por consequência, da produção de diversos metabólitos secundários necessários às plantas e microrganismos. O glifosato, inibidor da EPSPS, é atualmente o herbicida mais utilizado no Brasil, o que causa um acúmulo deste agroquímico em corpos de água. Embora não haja consenso pelas agências reguladoras, o glifosato é classificado como provável carcinógeno humano pela Agência Internacional para Pesquisa sobre Câncer, além de existirem outros estudos que o sugerem como agente causador de outras comorbidades humanas. Assim, este trabalho se propõe a caracterizar a EPSPS de Escherichia coli (Ec-EPSPS) para desenvolvimento de um biossensor por ressonância plasmônica de superfície (SPR), visando a detecção do glifosato presente na água. O gene da Ec-EPSPS foi clonado em vetores pET-M11 e pET-SUMO, que foram inseridos em bactérias E. coli BL21 (DE3) e Rosetta por transformação de choque térmico. Foram realizados testes de expressão da Ec-EPSPS em meio LB e ZYM-5052. O clone BL21 (DE3) transformado com pET-M11 expressou a proteína solúvel em meio ZYM-5052. A purificação da proteína foi realizada em duas etapas: cromatografia de afinidade a metal imobilizado, e cromatografia de exclusão molecular. Dados de dicroísmo circular apontam que a Ec-EPSPS mantém seu conteúdo de estruturas secundárias entre os pH 4,0 e 9,0, e é termoestável entre 10 ºC e 50 ºC em pH 7,5. Ensaios de atividade mostram que a Ec-EPSPS obtida neste estudo está ativa, apresentando Km para shikimato-3-fosfato e fosfoenolpiruvato em 0,055 ± 0,018 mM e 0,148 ± 0,023 mM, respectivamente. A Ec-EPSPS é classificada como classe I entre as EPSPS, ou seja, é inibida em concentrações micromolares de glifosato. Isso foi demonstrado por ensaio de inibição, onde o IC50 foi determinado em 0,016 ± 0,006 mM. Todos os dados aqui apresentados quanto à afinidade da Ec-EPSPS por seus substratos e inibidor estão de acordo com os encontrados na literatura. Em relação às análises por SPR, foi observado um deslocamento de 0,75° entre os pontos mínimos das curvas de ressonância, que representam o sistema antes e depois da aplicação de Ec-EPSPS. Esse deslocamento pode estar relacionado à imobilização da proteína à superfície dos chips, através da sua cauda de histidina. Porém, o sistema empregado até então não é capaz de verificar a presença de glifosato em solução, mesmo em concentrações altas. Outros trabalhos publicados na literatura, que utilizaram equipamentos já estabelecidos no mercado, obtiveram resultados mais satisfatórios quanto ao uso de SPR para detecção de glifosato. Os resultados destes são discutidos neste trabalho, a fim de ressaltar o potencial da técnica de SPR para análises ambientais. |
Abstract: | The 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate synthase (EPSPS, EC 2.5.1.19) is the enzyme that catalyzes the sixth step of the shikimate pathway, whose final product, chorismate, is a precursor to the biosynthesis of aromatic amino acids and, consequently, to the production of several secondary metabolites necessary for plants and microorganisms. Glyphosate, an EPSPS inhibitor, is currently the most widely used herbicide in Brazil, leading to an accumulation of this agrochemical in water sources. Although there is no consensus among regulatory agencies, glyphosate is classified as a probable human carcinogen by the International Agency for Research on Cancer, in addition to other studies suggesting its involvement in other human comorbidities. Thus, this work aims to characterize the EPSPS of Escherichia coli (Ec-EPSPS) for the development of a biosensor by surface plasmon resonance (SPR), targeting the detection of glyphosate present in water. The gene of Ec-EPSPS was cloned into pET-M11 and pET-SUMO vectors, which were inserted into E. coli BL21 (DE3) and Rosetta bacteria through thermal shock transformation. Expression tests of Ec-EPSPS were conducted in LB and ZYM-5052 media. The BL21 (DE3) clone transformed with pET-M11 expressed the soluble protein in ZYM-5052 medium. The protein purification was carried out in two steps: immobilized metal affinity chromatography and size exclusion chromatography. Circular dichroism data indicate that Ec-EPSPS maintains its content of secondary structures between pH 4.0 and 9.0, and it is thermostable between 10 °C and 50 °C, at pH 7.5. Activity assays show that the Ec-EPSPS obtained in this study is active, presenting Km values for shikimate-3-phosphate and phosphoenolpyruvate of 0.055 ± 0.018 mM and 0.148 ± 0.023 mM, respectively. Ec-EPSPS is classified as class I among EPSPS enzymes, meaning it is inhibited at micromolar concentrations of glyphosate. This was demonstrated by inhibition assay, where the IC50 was 0.016 ± 0.006 mM. All data presented here regarding the affinity of Ec-EPSPS for its substrates and inhibitor are in accordance with those found in the literature. Regarding the SPR analyses, a displacement of 0.75° was observed between the minimum points of the resonance curves, which represent the system before and after the application of Ec-EPSPS. This displacement may be related to the immobilization of the protein on the chip surface, through its histag. However, the system used so far is not capable of detecting the presence of glyphosate in solution, even at high concentrations. Other works published in the literature, which utilized equipments already established in the market, achieved more satisfactory results regarding the use of SPR for glyphosate detection. The results of these studies are discussed in this work in order to highlight the potential use of the SPR technique for environmental analysis. |
metadata.dc.description.unidade: | Instituto de Ciências Biológicas (IB) Departamento de Biologia Celular (IB CEL) |
Description: | Dissertação (mestrado) — Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular, 2024. |
metadata.dc.description.ppg: | Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular |
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Collection(s) : | Teses, dissertações e produtos pós-doutorado |
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