Mapeamento comparativo do cromossomo 14 bubalino (Bubalus bubalis), em painel de células somáticas híbridas irradiadas

Abstract

O desenvolvimento de ferramentas genômicas e a geração de informações moleculares para o búfalo (Bubalus bubalis) ainda estão em uma fase inicial em relação a outras espécies de interesse zootécnico. Nesse contexto, esse trabalho será de grande importância para a condução de estudos para identificação das bases genéticas e mecanismos moleculares que resultam em diferenças significativas entre bubalinos e bovinos, tanto na fisiologia quanto na qualidade e composição da carne e leite. A ferramenta genômica de última geração para construção de mapas físicos é o painel de células somáticas híbridas irradiadas (Painel RH), que permite a utilização de marcadores derivados de seqüências gênicas conservadas entre espécies e úteis para mapeamento comparativo. Recentemente, um consócio internacional foi estabelecido para a construção de um mapa RH bubalino de primeira geração, e o presente estudo foi realizado como contribuição a esse consórcio. Foram testadas condições de amplificação para 49 marcadores derivados de genes do cromossomo bovino 13 (BTA13), que possui alto grau de sintenia com o cromossomo bubalino 14 (BBU14). Obteve-se condições ideais de amplificação para um total de 37 marcadores, que foram testados no mínimo duas vezes em todas as linhagens do Painel para minimizar a ocorrência de resultados falsos positivos ou negativos. O software Carthagene foi utilizado para analisar os dados e gerar o mapa. Marcadores com LOD dois pontos < 3 foram excluídos da análise final. O mapa produzido contém um total de 28 marcadores, com taxa de retenção média de 20,7%. Para a construção do mapa comparativo, ancorou-se o mapa RH gerado ao mapa citogenético bubalino, e comparou-se a localização dos genes mapeados no mapa da Montagem do Genoma Bovino v4.0. O resultado obtido mostrou uma alta conservação sintênica entre os cromossomos BTA13 e BBU14, com algumas discordâncias, que não foram sustentadas pelo mapa final gerado pelo consórcio. Este estudo foi importante para a construção do primeiro mapa RH do genoma do búfalo de rio. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT

The development of genomic tools and the generation of molecular data for the river buffalo (Bubalus bubalis) are still in an initial phase in relation to other species of interest to animal production activities. In this context, this work will be of great importance for studies geared to identifying the genetic basis and molecular mechanisms that result in significant differences between buffaloes and cattle, both in production physiology and meat and milk quality and composition. The last generation genomic tool for constructing physical maps is the Radiation Hybrid Panel (RH Panel), because it allows the use of markers derived from related species and useful for comparative mapping. Recently, an international consortium was established for the construction of a first generation buffalo RH map, and the present study was carried out as a contribution to the International Consortium. PCR amplification conditions were tested for 49 markers derived from bovine gene sequences located on chromosome 13 (BTA13), which has a high degree of sinteny with buffalo chromosome 14 (BBU14). Ideal amplification conditions were obtained for a total of 37 markers, which were tested at least twice in all RH cell linesto minimise the occurrence of false positive or negative scorings. The program Carthagene was used to analyze the data and generate the RH map. The result obtained showed high syntenic conservation between chromosomes BTA13 and BBU14, with some discrepancies, which were not supported by final map generated by the consortium. This study was important for the construction of the first generation RH genome map of river buffalo.