Estudos in silico de moléculas ligantes de nucleossomo sobre a cromatina

Abstract

Mudanças estruturais na cromatina regulam a expressão gênica e definem os resultados fenotípicos. Tais mudanças são ocasionadas por uma variedade de pequenas moléculas e proteínas que, em sua maioria, atuam em nível nucleossomal. Embora toda a superfície do nucleossomo seja alvo de diferentes proteínas ligantes de nucleossomo (NBPs), uma região conhecida como patch acídico é o alvo preferencial dessas moléculas. Dessa forma, experimentos computacionais foram realizados a fim de compreender o impacto ao nível atomístico que vários peptídeos baseados em NBPs exercem sob o nucleossomo. Os resultados indicam que tais peptídeos podem interagir com o nucleossomo e desencadear mudanças estruturais. Foi observado efeitos sobre o perfil de hidratação do nucleossomo, assim como alterações nas flutuações dos resíduos de aminoácidos e nucleotídeos do nucleossomo. Além do estudo com os peptídeos, dados biofísicos indicaram que o colesterol interage com o nucleossomo através de múltiplos sítios de ligação e afeta a estrutura da cromatina in vitro. Atualmente há pouca consciência de que os lipídios possam ser armazenados na cromatina e influenciar seu estado. Aqui, com foco em lipídios que se ligam a receptores nucleares, fatores de transcrição clinicamente relevantes, foram exploradas as interações do nucleossomo com hormônios esteróides, ácidos biliares e ácidos graxos. Os resultados preliminares do encaixe molecular sugerem que outras moléculas lipídicas podem também ter impacto na estrutura da cromatina através da ligação a locais de colesterol comuns no nucleossomo.