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Título: Validation of a customized subset of SNPs for sheep breed assignment in Brazil
Outros títulos: Validação de um subconjunto de SNPs específicos para certificação racial de ovinos no Brasil
Autor(es): Paim, Tiago do Prado
Pimentel, Concepta Margaret McManus
Vieira, Fábio Danilo
Oliveira, Stanley Robson de Medeiros
Facó, Olivardo
Azevedo, Hymerson Costa
Araújo, Adriana Mello de
Moraes, José Carlos Ferrugem
Yamagishi, Michel Eduardo Beleza
Carneiro, Paulo Luiz Souza
Caetano, Alexandre Rodrigues
Paiva, Samuel Rezende
ORCID: http://orcid.org/0000-0002-9486-7128
http://orcid.org/0000-0002-1106-8962
http://orcid.org/0000-0002-8686-3338
http://orcid.org/0000-0003-4879-7015
http://orcid.org/0000-0001-8313-9830
http://orcid.org/0000-0002-0187-9227
http://orcid.org/0000-0002-7458-0656
http://orcid.org/0000-0002-1230-9000
http://orcid.org/0000-0001-7109-3038
http://orcid.org/0000-0001-7708-6197
http://orcid.org/0000-0002-3419-7337
http://orcid.org/0000-0001-6687-2491
Assunto: Ovelha
Recursos genéticos - animais
Certificação de origem
Genômica
Rastreabilidade
Ovino
Data de publicação: 2019
Editora: Embrapa Secretaria de Pesquisa e Desenvolvimento Pesquisa Agropecuária Brasileira
Referência: PAIM, Tiago do Prado et al. Validation of a customized subset of SNPs for sheep breed assignment in Brazil. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, v. 54, e00506, 2019. DOI: https://doi.org/10.1590/s1678-3921.pab2019.v54.00506. Disponível em: http://scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2019000104302. Acesso em: 23 jan. 2020.
Resumo: O objetivo deste trabalho foi avaliar a utilidade de um subconjunto de 18 polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) para a certificação das raças de ovinos Crioula Brasileira, Morada Nova (MN) e Santa Inês (SI). Dados de 588 animais foram analisados com o programa Structure. Em 82% dos casos, observou-se designação racial correta com confiança acima de 90%. A maioria dos casos de designação incorreta de raça foi observada em MN e SI. Portanto, apesar de o subconjunto de 18 SNPs ter confiabilidade elevada, ele não é suficiente para a inequívoca certificação das raças estudadas, principalmente das deslanadas. É necessário o desenvolvimento de um painel mais preciso para uso amplo em certificação racial.
Abstract: The objective of this work was to evaluate the usefulness of a subset of 18 single nucleotide polymorphisms (SNPs) for breed identification of Brazilian Crioula, Morada Nova (MN), and Santa Inês (SI) sheep. Data of 588 animals were analyzed with the Structure software. Assignments higher than 90% confidence were observed in 82% of the studied samples. Most of the low-value assignments were observed in MN and SI breeds. Therefore, although there is a high reliability in this subset of 18 SNPs, it is not enough for an unequivocal assignment of the studied breeds, mainly of hair breeds. A more precise panel still needs to be developed for the widespread use in breed assignment.
Licença: (CC BY) - This is an open-access article distributed under the Creative Commons Attribution 4.0 International License.
DOI: https://doi.org/10.1590/s1678-3921.pab2019.v54.00506
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