Identificação e análise genômica de um novo emaravirus em Urochloa (sin Brachiaria) híbrida por sequenciamento de alto rendimento

Abstract

O Brasil é o 2º maior produtor de carne bovina do mundo, e o sistema de produção de carne brasileiro é o extensivo, caracterizado pela criação de animais soltos em uma grandeárea de pastagem durante a maior parte da engorda. As plantas forrageiras tropicais são as mais amplamente cultivadas para a formação de pastagens, sendo as gramíneas do gênero Urochloa (Sin. Brachiaria) as mais utilizadas. Apesar da escassez de dados na literatura sobre espécies virais em forrageiras, sabe-se que atualmente contribuem para aredução da qualidade do pasto. O estabelecimento de medidas específicas para diagnóstico e manejo adequado é dificultado. O sequenciamento de alto rendimento (HTS) tem sido crucial para a identificação de espécies virais devido a quantidade significativa de dados gerados. Assim, o objetivo deste trabalho foi detectar espécies virais infectando plantas forrageiras, utilizando a tecnologia de HTS. Um novo Emaravirus foi descoberto por HTS em uma cultivar comercial híbrida entre Urochloa ruziziensis, U. Decumbens e U. brizantha. A sequência do genoma foi confirmada por sequenciamento Sanger. O novo vírus possui cinco segmentos genômicos de RNA senso negativo. O RNA1 apresentou 6.867 nucleotídeos, que codificam uma proteína P1 correspondente à RNA polimerase dependente de RNA (RdRp) de 2.289 aminoácidos. O RNA2 apresentou 2.043 nt, que codificam uma proteína P2, precursora da glicoproteína (GPP) de 681 aa. Os segmentos RNA1 (P1) e RNA2 (P2) apresentaram identidade de aminoácidos de 34,07% e 29,21%, respectivamente, à P1 e P2 de Emaravirus tritici, o vírus mais relacionado. O RNA3 apresentou 981 nt, que codificam uma proteína P3 do nucleocapsídeo (N) de 327 aa, a qual apresentou 15,19% de identidade de aminoácido maior com Emaravirus toordali. O RNA4 apresentou 1.041 nt, que codificam uma proteína P4 de movimento viral de 374 aa, e 50,7% de identidade de aa com a proteína P4 de E. tritici. O RNA5 (P5) apresentou 1.008 nt, que codificam uma suposta proteína supressora de silenciamento gênico, a qual está mais relacionada à P5 de E. tritici (8,9%). As análises filogenéticas, com base nas sequências de aminoácidos previstas da RdRp e GPP, indicaram que estas proteínas estão mais relacionadas à P1 e à P2 de Emaravirus tritici e Emaravirus parkinsoniae, enquanto que as análises com base nas sequências de aminoácidos de RNA3 (P3-N) indicaram relação às proteínas P3 de Emaravirus vitis, E. sorbi, E. actinidae, E. syringae, e E. cercidis. Sendo a base para delimitar as espécies do gênero estabelecida pela sequência de aminoácidos dos produtos gênicos de RNA1 (RdRp), RNA2 (GPP) e RNA3 (N), que devem ter uma diferença superior a 25%, esses dados sugerem que o vírus encontrado é membro de uma nova espécie no gênero Emaravirus, para o qual o nome binomial Emaravirus urochloe é proposto.