Diversidade de vírus de ssDNA e alfasatélites em solanáceas e caracterização molecular de três novas espécies de Begomovirus em tomateiro

Abstract

A família Solanaceae é uma família botânica diversificada que abrange várias espécies de plantas angiospermas. O tomateiro (Solanum lycopersicum L.) é uma das hortaliças mais importantes tanto economicamente quanto socialmente para o Brasil. Os níveis de produtividade dessa cultura sofrem oscilações recorrentes devido a diversos fatores, dentre eles se destacam as doenças tais como as begomoviroses (causadas por um complexo de espécies de begomovírus). Esses patógenos possuem uma ou duas moléculas de DNA circular de fita simples (apresentando os componentes DNA–A e DNA–B) predominam em tomateiro no Novo Mundo, sendo transmitidos por diferentes espécies crípticas do complexo Bemisia tabaci. O advento da tecnologia de High Throughput Sequencing (HTS) tem proporcionado a descoberta de novas espécies virais associadas com o cultivo do tomateiro. Neste contexto, o presente trabalho tem como um dos objetivos estudar a diversidade viral no tomateiro e plantas daninhas da família Solanaceae. Para isto, no capítulo dois, cento e vinte e nove (129) amostras foliares de tomateiro e plantas daninhas exibindo sintomas típicos de begomovírus (clorose apical, mosaico dourado e pontuações cloróticas) foram coletadas nas regiões Norte (15), Nordeste (43), Sul (11), Centro Oeste (45), Sudeste (18). As coletas foram realizadas no período de 2003 a 2022, sendo analisadas amostras foliares varios representantes da familia Solanaceae. O DNA total extraído foi usado como molde para amplificação por círculo rolante (RCA). Para confirmação da presença de begomovírus por meio de ensaios de PCR usando primers degenerados para o DNA–A (PAR1c496 e PAL1v1978) e para o DNA–B (PBL e CRC). Após esta etapa, RCA das 129 amostras foram empregadas para formar um pool e sequenciadas em uma plataforma Ilumina NovaSeq 6000. Foram obtidos 41.659 contigs sendo que 172 deles exibiram após análises com RefSeqViral identidades com begomovírus (168), topilevírus (1) gemycircularvírus (1) e dois alfasatélites. Dezesseis dos 168 contigs de begomovírus apresentaram identidade nucleotídica abaixo de 91%, sendo consistentes com o critério taxonômico atual de definição de novas espécies dentro do gênero Begomovirus. No capítulo três, outros três contigs (C16, C21 e C230) mostraram uma organização genômica típica de begomovírus bipartidos e foram considerados potenciais novas espécies dentro do gênero Begomovirus. A partir da utilização de HTS foi possível observar a presença de altos níveis de variabilidade genética e de diversidade de begomovírus em membros da família Solanaceae, indicando um relevante papel como reservatórios virais. Ações de pesquisa estão sendo conduzidas visando a produção de clones infecciosos para desvendar gama de hospedeiras bem como fontes de resistência contra esses novos vírus.