Desenvolvimento e validação de um painel de SNPS associados a características de importância econômica para a seleção de ovinos de diferentes raças no Brasil

Abstract

O Brasil possui rebanhos ovinos de raças especializadas e adaptadas às condições climáticas do país. Apesar disso, muito pode ser feito para assegurar o melhoramento genético desses animais e contribuir para o crescimento do setor. Algumas características importantes para os programas de melhoramento genético de ovinos no país incluem a eficiência reprodutiva e a resistência a doenças. O objetivo nesse trabalho foi desenvolver e validar um painel reduzido de SNPs associados a essas características, visando a seleção de ovinos de importância para a ovinocultura nacional. 96 SNPs foram genotipados através da plataforma Fluidigm, utilizando em 15 raças ovinas: Santa Inês, Morada Nova, Crioula Lanada, Rabo Largo, Somalis Brasileira, Bergamácia Brasileira, Corriedale, Ile de France, Pantaneira, Dorper, Damara, Suffolk, Hampshire, Texel e Barriga Negra, totalizando 1040 amostras de sangue e 112 amostras de sêmen mantidas no Banco Brasileiro de Germoplasma Animal (BBGA). Com base nos resultados obtidos pela plataforma, foram estimadas as frequências alélicas e haplotípicas para os marcadores associados as características de interesse. Ainda, foram comparados os resultados obtidos nas diferentes populações da raça Santa Inês, com o objetivo de verificar a existência de diversidade alélica entre elas. Além disso, dados de amostras em comum genotipadas com os BeadChips Illumina OvineSNP50 e Illumina OvineSNP 600K, consideradas tecnologias robustas de genotipagem, foram comparados com os dados obtidos aqui. No total, dos 96 SNPs genotipados, 25 falharam, o que indica que o aproveitamento do painel foi de 74%. Além disso, alguns SNPs foram monomórficos, totalizando 18. Com isso, o painel pode ser otimizado em estudos futuros, excluindo marcadores monomórficos e que não funcionaram, garantindo assim um maior custo-benefício e eficiência dos marcadores genotipados. Os SNPs bem-sucedidos forneceram resultados interessantes, sendo possível estimar frequências alélicas e haplotípicas que podem ser úteis em estudos de melhoramento genético com ovinos no país. Foi possível ainda observar a existência de diferenças nas frequências alélicas entre diferentes populações da raça Santa Inês, demonstrando que há fluxo gênico entre essas populações. Por fim, foi possível concluir que a tecnologia Fluidigm é confiável, sendo uma ferramenta útil e financeiramente viável em estudos de seleção genética com ovinos no Brasil.