Primeiro relato e caracterização molecular do carlavírus potato virus P em tomateiro

Abstract

As perdas causadas por doenças impactam de forma considerável a cultura do tomateiro. Dentre elas, as doenças virais destacam-se pela dificuldade de controle, resultando em redução da produtividade e aumento do custo de produção. Nos últimos anos, com auxílio da técnica de sequenciamento de alta performance, incluindo o High Throughput Sequencing – HTS, vírus novos vêm sendo descritos, sendo que muitos deles podem potencializar as perdas em tomateiro. Esse estudo tem como objetivo a caracterização molecular de um carlavírus identificado a partir de sequenciamento HTS, utilizando a plataforma Illumina HiSeq2000. Amostras de tomateiro coletadas no Rio Grande do Sul no ano de 2014 foram avaliadas. Detectou-se, nessas amostras, um vírus ainda não relatado em tomateiro, além de dois outros vírus já conhecidos. Focou-se no estudo deste vírus distinto. Análises envolveram a avaliação da qualidade dos ‘reads’, a montagem da sequência genômica, a determinação da estrutura genômica e análise de recombinação e relacionamento filogenético com outros vírus. Foi confirmado que o vírus é classificado como membro da espécie Potato virus P, do gênero Carlavirus. Verificou-se que isolados de potato virus P (PVP) foram anteriormente descritos infectando a batateira no Brasil, Argentina e Rússia. O vírus detectado em tomateiro é mais semelhante ao isolado russo com 95,55 % de identidade de nucleotídeos do genoma. A organização genômica é típica de um carlavírus com 6 ORF’s, sendo a sequência determinada incompleta, faltando a extremidade terminal 5’ e 3’. Na análise filogenética, o PVP de tomateiro foi agrupado com os demais isolados de PVP de batateira. Não foi detectada evidência de eventos de recombinação no genoma do PVP de tomateiro. Este é o primeiro relato do PVP em infecção natural em tomateiro, sendo que estudos adicionais serão necessários para avaliar os potenciais danos que esse vírus pode causar ao tomateiro.