Detecção molecular de vírus gastroentéricos em amostras de fezes conservadas em formol

Abstract

A gastroenterite aguda é uma manifestação clínica que causa diarreia, vômitos, náusea e, em casos mais severos, desidratação que pode levar, principalmente crianças e idosos, ao óbito. Estimativas apontam que um bilhão e setecentos mil casos de gastroenterite ocorram anualmente em todo o mundo, tal manifestação gera grande prejuízo econômico, seja por dispêndios médicos ou pelo impacto social que gera ao debilitar trabalhadores em idade produtiva. Dentre os agentes causadores dessa moléstia estão os vírus gastroentéricos, especialmente os pertencentes às famílias Astroviridae, Caliciviridae, Reoviridae e Adenoviridae. Para a detecção de vírus gastroentéricos as amostras ideais seriam fezes frescas, diarreicas e sem conservante. Na prática clínica, a obtenção destas amostras representa um percentual muito menor se comparado com as amostras contendo conservantes à base de formol. A formalina é um importante interferente para a utilização de técnicas de detecção molecular, sendo capaz de reduzir a eficiência de pareamento de oligonucleotídeos, fragmentar moléculas de DNA e RNA, dificultar a precipitação de ácidos nucleicos durante o processo de extração e diminuir a capacidade catalítica da Taq Polimerase. O primeiro passo para a utilização de técnicas moleculares é a extração do material genético, desse modo, a comparação de diferentes métodos de extração para recuperar ácidos nucleicos virais em amostras de fezes acondicionadas com formalina pode apresentar uma alternativa diagnóstica para vírus de RNA e DNA. Para tal, três metodologias de extração foram comparadas para a detecção de quatro vírus gastroentéricos que são importantes causadores de quadros de gastroenterite utilizando a técnica de PCR. Foi possível demonstrar que a adição de RNA-Carrier durante a extração das amostras aumentou a quantidade de material genético recuperado; a concentração de DNA utilizado como template para o PCR é um fator importante para uma amplificação bem-sucedida a depender da técnica utilizada; e dentre as metodologias testadas, uma se mostrou mais eficaz, tem custo mais baixo e pode ser uma importante ferramenta para a utilização de amostras biológicas que tendem a ser descartadas em inquéritos epidemiológicos devido a sua não conformidade pela adição de formol. A não investigação dessas amostras impacta em resultados subestimados de incidência e prevalências desses agentes virais.