| Campo DC | Valor | Idioma |
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| dc.contributor.advisor | Noronha, Eliane Ferreira | - |
| dc.contributor.author | Qualhato, Thiago Fernandes | - |
| dc.date.accessioned | 2019-12-16T18:53:21Z | - |
| dc.date.available | 2019-12-16T18:53:21Z | - |
| dc.date.issued | 2019-12-16 | - |
| dc.date.submitted | 2018-12-17 | - |
| dc.identifier.citation | QUALHATO, Thiago Fernandes. Análise da expressão gênica global de Trichoderma asperellum TR356 em interação com o feijoeiro-comum (Phaseolus vulgaris). 2018. 110 f., il. Tese (Doutorado em Biologia Microbiana)—Universidade de Brasília, Brasília, 2018. | pt_BR |
| dc.identifier.uri | https://repositorio.unb.br/handle/10482/35975 | - |
| dc.description | Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, Programa de Pós-Graduação em Biologia Microbiana, 2018. | pt_BR |
| dc.description.abstract | A interação entre fungos e plantas é um processo complexo que envolve diferentes
mecanismos físicos, moleculares e uma grande diversidade de vias metabólicas. O fungo
Trichoderma asperellum vem ganhando destaque pelo seu desempenho como promotor de
crescimento de plantas, indução de resistência e controle biológico. Para melhor entender os
mecanismos utilizados por T. asperellum na interação com a planta hospedeira, no presente
trabalho foi analisada a modulação da expressão gênica do isolado TR356 usando a tecnologia
de Illumina, explorando seu transcritoma durante a interação direta com as raízes de feijoeirocomum
(Phaseolus vulgaris L.). Foram gerados, utilizando-se a plataforma HiSeq 2000, um
total de 39.205.000 fragmentos da sequência (reads paired ends) de 100 pb em 8 bibliotecas.
A cobertura total dos reads no genoma do T. asperellum foi de 33x, e a cobertura em relação
às regiões codantes do DNA (CDS) foi de aproximadamente 54x. A qualidade média das
bibliotecas (%Q30) foi de 96%. Um total de 25.386 genes foi identificado nos dois tempos de
análise (48 e 72 horas), destes, 6.817 genes foram identificados como diferencialmente
expressos. Dos genes diferencialmente expressos, grande parte (74,5%) foi identificada no
tempo de 72 horas, o que mostrou um aumento na modulação gênica neste período. Foi
identificado um grande número de CAZymes no transcritoma de T. asperellum categorizadas
em diferentes famílias (229 genes e 51 famílias). Por meio da análise de categorização
funcional, utilizando o Blast2GO, identificou-se genes categorizados em processos
metabólicos (metabolismo secundário), regulação da transcrição e transporte. A análise das
rotas metabólicas, utilizando o software Ipath3, destaca o aumento na expressão de genes de
vias de degradação de carboidratos. Proteínas candidatas a efetores foram identificadas,
utilizando os softwares SignalP, TMHMM e TargetP, como serino-proteases, cerato
plataninas, tioredoxinas, metaloproteases, proteínas com domínio CFEM e LysM repeat. A
análise geral do transcritoma mostrou que a interação T. asperellum e P. vulgaris envolve a
expressão de genes que codificam transportadores, moléculas envolvidas no metabolismo
secundário e de enzimas envolvidas na degradação de carboidratos. Os resultados deste
trabalho contribuíram para o mapeamento de genes candidatos com papel na complexa
interação molecular entre T. asperellum e Phaseolus vulgaris. | pt_BR |
| dc.language.iso | Português | pt_BR |
| dc.rights | Acesso Aberto | pt_BR |
| dc.title | Análise da expressão gênica global de Trichoderma asperellum TR356 em interação com o feijoeiro-comum (Phaseolus vulgaris) | pt_BR |
| dc.type | Tese | pt_BR |
| dc.subject.keyword | Feijoeiro | pt_BR |
| dc.subject.keyword | Feijão - doenças e pragas | pt_BR |
| dc.subject.keyword | Trichoderma asperellum | pt_BR |
| dc.subject.keyword | Controle biológico | pt_BR |
| dc.subject.keyword | Expressão gênica | pt_BR |
| dc.rights.license | A concessão da licença deste item refere-se ao termo de autorização impresso assinado pelo autor com as seguintes condições: Na qualidade de titular dos direitos de autor da publicação, autorizo a Universidade de Brasília e o IBICT a disponibilizar por meio dos sites www.bce.unb.br, www.ibict.br, http://hercules.vtls.com/cgi-bin/ndltd/chameleon?lng=pt&skin=ndltd sem ressarcimento dos direitos autorais, de acordo com a Lei nº 9610/98, o texto integral da obra disponibilizada, conforme permissões assinaladas, para fins de leitura, impressão e/ou download, a título de divulgação da produção científica brasileira, a partir desta data. | pt_BR |
| dc.description.abstract1 | The interaction between fungi and plants is a complex process involving different physical
and molecular mechanisms and also a great diversity of metabolic pathways. The
Trichoderma asperellum fungus has gained prominence for its performance as a promoter of
plant growth, induction of resistance and biological control. For a better understanding of the
mechanisms used by T. asperellum in the interaction with his host plant, it was analyzed in
this study the gene modulation of the isolated TR356 using the Illumina technology,
exploring its transcriptome during the direct interaction with the roots of the common bean
(Phaseolus vulgaris L.). They were generated, using the HiSeq 2000 platform in a total of
39205.000 fragments of the sequence of 100 pb in 8 libraries. The total coverage of the reads
in the T. asperellum genome was 33x, and the coverage over the DNA coding regions (CDS)
was approximately 54x. The average quality of the libraries (% Q30) was 96%. A total of
25,386 genes were identified in the two analysis times (48 and 72 hours) and among them
6,817 were identified as differentially expressed genes. Of the differentially expressed genes,
a large part (74.5%) were identified at 72 hours, which showed an increase in gene
modulation during this period. In order to avoid the generation of generic annotation data we
used annotations already made for the genome of Proteases, Transporter, SSCPs and
CAZymes. A detailed analysis of the CAZymes families showed the importance of these
proteins in the interaction process. We identified a large number of CAZymes in T.
asperellum with a high diversity of families (229 genes and 51 families). Through the
functional categorization analysis, using Blast2GO, was identified fundamental terms for
interaction as secondary metabolic processes, regulation of transcription and transport. The
analysis of the metabolic routes using software Ipath3 confirmed the data already observed in
this work, highlighting routes of carbohydrate degradation. Several effector candidate
proteins were identified using SignalP, TMHMM and TargetP software, such as serine
proteases, ceratoplatanins, thioredoxins, metalloproteases, CFEM Domain and LysM repeat
protein and others. In this identification, proteins with known translocation motifs, such as the
RxRL motif and were prioritized. These results suggest that groups of differentially expressed
genes play an important role during the interaction process. The general analysis of the
transcriptome showed that the interaction T. asperellum and P. vulgaris involves the
expression of genes encoding transporters, molecules involved in the secondary metabolism
and the modulation mainly of enzymes involved in the degradation of the carbohydrate. The
results of this work will contribute to the understanding of the complex molecular interaction
T. asperellum – Phaseolus vulgaris. | pt_BR |
| dc.description.unidade | Instituto de Ciências Biológicas (IB) | pt_BR |
| dc.description.unidade | Departamento de Biologia Celular (IB CEL) | pt_BR |
| dc.description.ppg | Programa de Pós-Graduação em Biologia Microbiana | pt_BR |
| Aparece nas coleções: | Teses, dissertações e produtos pós-doutorado
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