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Título: Detection and evaluation of selection signatures in sheep
Detecção e avaliação de assinaturas de seleção em ovinos
Autor(es): Paim, Tiago do Prado
Ianella, Patrícia
Paiva, Samuel Rezende
Caetano, Alexandre Rodrigues
Pimentel, Concepta Margaret McManus
Assunto: Ovino
Melhoramento genético
Genoma
Genética molecular
Marcadores genéticos
Data de publicação: 2018
Editora: Embrapa Secretaria de Pesquisa e DesenvolvimentoPesquisa Agropecuária Brasileira
Referência: PAIM, Tiago do Prado et al. Detection and evaluation of selection signatures in sheep. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, v. 53, n. 5, p. 527-539, maio 2018. DOI: http://dx.doi.org/10.1590/s0100-204x2018000500001. Disponível em: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2018000500527&lng=en&nrm=iso. Acesso em: 14 fev. 2019.
Resumo: O recente desenvolvimento de painéis de “single nucleotide polymorphisms” (SNPs) distribuídos ao longo do genoma possibilitou a realização de diversos trabalhos com diferentes espécies. O processo seletivo promove o aumento ou a diminuição da frequência alélica (ou gênica) em loci específicos do genoma, além de promover o arrasto dos alelos próximos no cromossomo. Desta forma, são formadas regiões do genoma com o aumento na frequência de determinados alelos na população, o que caracteriza a assinatura de seleção. A detecção destas assinaturas é importante para a caracterização dos recursos genéticos, bem como a identificação de genes ou regiões envolvidos no controle e na expressão de características de importância produtiva e econômica. Os ovinos são uma importante espécie para estes estudos, uma vez que encontram-se amplamente dispersos em diferentes ambientes e apresentam grande diversidade fenotípica. Devido à grande quantidade de dados gerados nas análises genômicas, são necessários métodos estatísticos e programas específicos para a detecção de assinaturas de seleção. Assim, os objetivos deste artigo de revisão são apresentar os principais métodos estatísticos e os programas atualmente utilizados para análise de dados genômicos e a detecção de assinaturas de seleção; descrever os resultados dos recentes trabalhos publicados sobre assinaturas de seleção em ovinos; e discutir alguns desafios e oportunidades nesta área de pesquisa.
Abstract: The recent development of genome-wide single nucleotide polymorphism (SNP) arrays made it possible to carry out several studies with different species. The selection process can increase or reduce allelic (or genic) frequencies at specific loci in the genome, besides dragging neighboring alleles in the chromosome. This way, genomic regions with increased frequencies of specific alleles are formed, caracterizing selection signatures or selective sweeps. The detection of these signatures is important to characterize genetic resources, as well as to identify genes or regions involved in the control and expression of important production and economic traits. Sheep are an important species for theses studies as they are dispersed worldwide and have great phenotypic diversity. Due to the large amounts of genomic data generated, specific statistical methods and softwares are necessary for the detection of selection signatures. Therefore, the objectives of this review are to address the main statistical methods and softwares currently used for the analysis of genomic data and the identification of selection signatures; to describe the results of recent works published on selection signatures in sheep; and to discuss some challenges and opportunities in this research field.
Unidade Acadêmica: Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária (FAV)
Licença: (CC BY) - This is an open-access article distributed under the Creative Commons Attribution 4.0 International License.
DOI: http://dx.doi.org/10.1590/s0100-204x2018000500001
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