| Data de publicação | Data de defesa | Título | Autor(es) | Orientador(es) | Coorientador(es) |
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| 13-Jul-2018 | 23-Fev-2018 | Descoberta de novos vírus vegetais e estudo da diversidade viral intrahospedeiro a partir de dados gerados por sequenciamento em larga escala | Silva, João Marcos Fagundes | Nagata, Alice Kazuko Inoue | - |
| 1-Jun-2022 | 25-Mar-2022 | Dinâmica e evolução viral em diferentes escalas : da emergência à interação com o hospedeiro | Silva, João Marcos Fagundes | Nagata, Tatsuya | Melo, Fernando Lucas |
| 2019 | - | Human virome in nasopharynx and tracheal secretion samples | Souza, Larissa da Costa; Blawid, Rosana; Silva, João Marcos Fagundes; Nagata, Tatsuya | - | - |